Activités d'expertise
Identification et caractérisation d'isolats du genre Aspergillus par une approche polyphasique combinant
- Analyse macro-microscopique
- Identification par spectrométrie de masse MALDI-TOF, base de donnée MSI2
- Séquençage moléculaire de la région ITS1-2 et des gènes codant pour la β-tubuline et la calmoduline
Détermination des profils de sensibilité aux antifongiques
- Antifongigramme en milieu solide (méthode E-test) et en milieu liquide (méthode EUCAST)
- Détection rapide des mutations TR34/L98H associées à la résistance aux azolés chez A. fumigatus
- Séquençage moléculaire des gènes cyp51a, dont les mutations peuvent être associées à une résistance aux antifongiques azolés
- WGS (séquençage génome entier) pour documenter les mécanismes de résistance aux antifongiques des Aspergillus sp.
Sérologie aspergillaire
- Dépistage des IgG par technique ELISA
- Confirmation par technique Western Blot
Mise en collection du matériel biologique
- Le LA-AspC conserve tous les isolats d'Aspergillus reçus dans le cadre de ses activités d'expertise et de surveillance ainsi que les ADNg extraits pour leurs caractérisations. - Les sérums faisant l'objet de demande d'expertise sont également conservés.
Veille technologique et évaluation des techniques
Le LA-AspC assure un suivi et une évaluation des techniques utilisées :
- Comparaison des méthodes d'identification des Aspergillus (MALDI-Tof vs identification moléculaire)
- Comparaison des méthodes pour les tests de sensibilité aux antifongiques et leur interprétation
- Evaluation des méthodes de sérologie aspergillaire et de leur place dans le diagnostic et le suivi thérapeutique des APC
Activités de conseil
Le LA-AspC assure une activité de conseil et d'expertise dans la prise en charge diagnostique et thérapeutique des patients suspects ou atteints d'aspergillose chronique (APC) auprès des professionnels de santé, par la participation à des réunions de concertation pluridisciplinaire (RCP) au niveau local et national. Il assure également une activité d'information et de conseil auprès du grand public par la participation à des congrès au niveau national et international.
Surveillance épidémiologique et mycologique
Le LA-AspC est chargé de la surveillance des APC et de la résistance aux antifongiques. Il contribue à l'alerte en lien avec le CNRMA-IFI et Santé Publique France (SPF), pour toute augmentation inhabituelle de cas, modification des formes cliniques, survenue de cas groupés, apparition d'un nouveau phénotype de résistance, ou risque de voir apparaître une résistance à un nouvel antifongique.
Il assure la surveillance au niveau national, en lien avec les laboratoires de biologie médicale du réseau
CHU, CHG, mais aussi du privé.
Cette surveillance est réalisée par deux approches complémentaires :
- Une approche passive et prospective dans le cadre des demandes d'expertises reçues par le LA-AspC (Déclaration de cas d'APC et demande d'expertise sur serveur sécurisé en ligne via Redcap)
- Une approche active par la réalisation d'enquêtes de terrain et études ponctuelles visant à
(i) Détecter l'émergence de résistances aux anti-infectieux, et
(ii) Comprendre les modalités de gestions des APC en France
Notre démarche qualité
Le laboratoire est accrédité COFRAC pour les techniques suivantes (Voir tableau 2 de
l'attestation d'accréditation) :
- Examen mycologique direct après imprégnation argentique (coloration de Musto)
- Examen mycologique direct après coloration au MGG
- Ensemencement, examen morphologique macro- et microscopique des cultures, identification des champignons filamenteux par spectrométrie de masse MALDI-TOF
- Sérologie aspergillaire (par extension des dosages du Galactomannane)
Pour rappel : les PCR ciblant l'ordre des mucorales et du genre Aspergillus, ou ciblant spécifiquement A. fumigatus sont des PCR multiplexes et relèvent de la nomenclature RIHN non soumise en 2023 à l'accréditation COFRAC ; néanmoins une validation de méthode ainsi qu'un suivi de CQI et EEQ ont été mis en place.